Antes de tratar con antihelmínticos o productos para los parásitos internos conviene preguntarse si los hemos alimentado con algo que los pudiera haber traído.
Raro, pero no imposible es que hayan venido por la pulga. A veces a los cultivos, si están al exterior, vienen pajarillos a beber, que son los que pudieran traer las esporas contaminantes. No es imposible, como digo, pero es raro.
No te voy a poner a mirar las heces al microscopio para ver los parásitos o sus huevos. A nivel acuarístico van bien los medicamentos para parásitos internos.
Por las heces no sabría decir si el problema es de gusano, protozoario o bacteriano y el medicamento depende mucho de eso. Yo empezaría por protozoario o helmíntico y finalizaría con tratamiento bacteriano dado que estos últimos son más difíciles de tratar posteriormente.
En el estado que estás con solo un superviviente, optaría por obtener nueva descendencia de la pareja que queda.